Většina sbírkových fondů se v současnosti nachází v klášteře. Neplatí to však o dvou archivech: historickém archivu kanonie a hudebním archivu. Z kapacitních důvodů jsou na základě depozitních smluv uloženy ve státních institucích, historický archiv v Národním archivu, hudební archiv v Národním muzeu - Českém muzeu hudby. I tam jsou přístupny odborné veřejnosti.
Během staletého trvání strahovské kanonie vzniklo z činnosti premonstrátů ohromné množství písemností. Můžeme je rozdělit do dvou skupin, které se v určitých bodech stýkají a překrývají. První skupinou jsou písemnosti související se samotnou komunitou, jejím personálním obsazením, duchovním životem, a působením ve farní správě, které bylo premonstrátům vlastní. Patří sem i dokumenty důležité pro dějiny celého řádu. Druhá skupina pokrývá správu klášterních statků. Od středověku byla instituce hmotně závislá na zemědělské výrobě, panovník již při založení kláštera daroval nové fundaci určité území s poddanými, aby zisky z jeho obhospodařování uspokojovaly potřeby kanonie a pomáhaly rozvíjet její duchovní, kulturní a charitativní působení. Strahovskému klášteru náležely jednak pozemky v jeho nejbližším okolí a v blízkosti Prahy, jednak hospodářské celky v různých oblastech Čech i na Moravě. Písemnosti obou skupin představují podstatnou část historického archivu.
Hudební archiv v dnešní podobě uchovává svědectví o hudební kultuře především v klášterní bazilice Nanebevzetí Panny Marie a dalších kostelích, v nichž působili strahovští premonstráti, a o zájmech a rozhledu hudebně nadaných a činných členů kanonie. Jeho těžiště spočívá v hudebninách z 18. a 19. století. Během 18. století se (nejen) pražské klášterní kostely staly místy provozování hudby nejvyšší kvality, tuto tradici však zbrzdily, a na mnoha místech zcela zrušily náboženské a církevní reformy císaře Josefa II. Neobyčejně kvalitní hudební život na Strahově však trval navzdory nepřízni doby.
