Ačkoli kostel na první pohled vypadá jako gotický, ve skutečnosti je mnohem mladší. Je zasvěcen svatému Rochovi, jednomu ze světců pomáhajících proti moru. Morové rány sužovaly obyvatele českých zemí ještě v 18. století a proti onemocnění neexistovala účinná ochrana.
Na místě dnešního kostela se nacházela gotická kaple, která byla počátkem 17. století v troskách. Ke stavbě kostela zasvěceného sv. Rochovi se v roce 1599 zavázal císař Rudolf II., kostel měl být poděkováním za ukončení moru, který v Čechách řádil v závěru 16. století. Se stavbou se začalo v roce 1603, dokončena však byla až kolem roku 1616 a vnitřní zařízení bylo dodáno ještě později. V 60. letech 17. století se kostel stal centrem formující se strahovské farnosti, protože klášterní kostely nesměly v této době být zároveň farními. Z toho důvodu byla do kostela pořízena a 8. dubna 1662 osazena křtitelnice. Kolem kostela se nacházel hřbitov (dnešní oplocené travnaté prostranství). Ačkoli hřbitov bývá někdy označován jako morový, z matrik lze doložit, že při epidemii v roce 1680 byly oběti moru z řad farníků odváženy na morové hřbitovy mimo město, zatímco zemřelí na jiné, nenakažlivé choroby, zde byli nadále pohřbíváni.
V roce 1784 byla v rámci církevních reforem prohlášena za farní kostel současná bazilika Nanebevzetí Panny Marie, kam byla přenesena i křtitelnice. Kostel sv. Rocha byl nadále využíván pro různé, i profánní účely. V roce 1881 se opat Zikmund Starý rozhodl obnovit jeho liturgickou funkci, nechal ho opravit a nově zařídit v novogotickém stylu. Po likvidaci kláštera komunistickým režimem v roce 1950 byl kostel využíván jako depozitář a skladiště, po stavební úpravě na začátku 70. let 20. století jako výstavní síň. Tuto funkci si podržel i po navrácení areálu kláštera premonstrátům, v současnosti slouží potřebám návštěvnického centra.
